氣體揮發造成的養分損失

有機肥在腐熟過程中里面的氮會轉化為氨氣，造成揮發損失，因此在腐熟的時候一定要用無破損的塑料薄膜覆蓋嚴密。并且堆積腐熟時間切不可過長，腐熟完畢后盡快使用。

化學反應造成的養分損失

人糞尿和草木灰就是個例子。現在仍有不少的菜農為了防止人糞尿引來蒼蠅或發出異味就在人糞尿里倒上些草木灰。草木灰是含有大量碳酸鉀的，pH值顯堿性；而人糞尿屬酸性有機肥，所以二者相遇，酸堿中和，養分大量損失。

養分隨水滲漏而損失

像稻殼糞、鴨糞、牛糞這一類等，老百姓們為了能更容易腐熟會在堆糞上澆水，但是往往由于底下沒做好防滲漏的措施而致使營養元素隨水滲漏而損失。所以下面一定要鋪設塑料薄膜阻擋養分隨水滲漏，此外灑水一定要適量。（中肥）